Kết luận của Thanh tra TPHCM công bố vào ngày 1/10/2008 đã chỉ ra: Về khu tái định cư 160ha theo phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ tại quyết định 367/TTg…, UBND TPHCM đã xác định khu tái định cư 42 ha bố trí về phía Đông để tái định cư giai đoạn đầu nhưng sau đó 38/42 ha đất này lại được bổ sung vào diện tích đất khu trung tâm ĐTM Thủ Thiêm, còn trên địa bàn 5 phường  không xác định được vị trí của khu tái định cư 160ha…
Kết luận của Thanh tra TPHCM nêu rõ: Trước áp lực giải phóng mặt bằng Khu ĐTM Thủ Thiêm…và thực tế không đủ đất để bố trí tái định cư như chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn 190/CP-NN, lẽ ra các sở, ngành chức năng phải tham mưu cho UBND TP báo cáo Thủ tướng Chính phủ để kiến nghị điều chỉnh vị trí tái định cư cho phù hợp với tình hình thực tế. Thế nhưng, các sở, ngành lại tham mưu để UBND TPHCM chỉ đạo “có thể bố trí từ 3 đến 4 địa điểm trên địa bàn quận 2” theo thông báo số 78/TB-VP ngày 22/3/2002 của UBND TPHCM là chưa phù hợp với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. 
Kết luận của Thanh tra TPHCM còn chỉ ra trong 55 dự án được giao đất có 42 dự án có quyết định giao đất của UBND TPHCM hoặc Thủ tướng sau khi có quyết định số 367/TTg ngày 4/6/1996 về phê duyệt quy hoạch Khu ĐTM Thủ Thiêm. Có 10 dự án được giao đất sau khi có công văn số 190/CP-NN đã xác định khu tái định cư 160 ha thuộc các phường An Khánh, Bình An, Bình Khánh, An Lợi Đông và Thủ Thiêm… là thực hiện không đúng phê duyệt của Thủ tướng 
Chính phủ.
Dù đã chỉ ra thông báo số 78/TB-VP của UBND TPHCM chưa phù hợp chỉ đạo của Thủ tướng nhưng vì là cấp dưới, Thanh tra TPHCM chỉ kiến nghị Chủ tịch UBND TPHCM chỉ đạo Giám đốc Sở Quy hoạch-Kiến trúc; Sở Tài nguyên và Môi trường; Trưởng Ban Quản lý dự án Thủ Thiêm; Chủ tịch UBND quận 2 và các phòng ban có liên quan của UBND TPHCM… kiểm điểm và xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân liên quan. Còn người trực tiếp chỉ đạo dẫn đến oan sai thì… không bị đề xuất kiểm điểm hay xử lý gì.Nhóm phóng viên